指値やリフォーム内容を見直すことで、当初想定していたよりも費用を大幅に圧縮することができました。融資額はそのままにしたいのですが、金融機関にはどのようにお願いすると良いでしょうか？

「今後のために元々の融資内諾いただいている金額のままご融資いただき、余った金額は次回以降の修繕費用のためにプールさせてくれないか」と依頼するのが良いと思います。

例えば、「今回は法人の借り入れとなり駐車場の造成は不要となったが、仮に今回の方が退去となると必須工事となるので、その時に備えて貸しておいて欲しい」といったように理由を具体的に伝えて相談するのが良いと思います。